Para darle un contexto serio, el Fondo Nacional de Fomento al Turismo y la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura crearon un consejo científico-cultural para seguir el desarrollo de la ruta del Tren Maya.
16 especialistas de prestigio y diversas instituciones se encargarán de fortalecer las actividades productivas tradicionales, con alto valor cultural y medioambiental, y recomendar la protección del patrimonio histórico del área de influencia del tren.
También, con las comunidades de la región, examinarán las expresiones de su patrimonio cultural inmaterial para protegerlas y analizarán el impacto de prácticas productivas (de relevancia económica y social) respecto del cuidado de la biosfera.
Con esta idea, se promueve el seguimiento del desarrollo económico inclusivo, el fortalecimiento de industrias creativas, la salvaguarda de la cultura, la sostenibilidad medioambiental y la comunicación entre instituciones, siempre con bases científicas.